Después de este resultado adverso, Enrique Meza, Emanuel Villa y Edixon Perea quedaron desligados del equipo. El equipo finalizó en sexto sitio general, clasificando a la liguilla como la defensa menos goleada (15 tantos), encarando al León en cuartos de final. En la Libertadores 2012 los Celestes clasificaron como segundo lugar de grupo -por debajo del Corinthians, a la postre campeón del certamen y de la Copa Mundial de Clubes 2012-, y accedieron a octavos de final contra el Libertad de Paraguay, quedando eliminados con marcadores de 1-1 en México y 0-2 en Asunción.
