El entrenador era Julio Lamas, y en la serie final el conjunto xeneize superó por 4-1 a Independiente, de General Pico, equipacion futbol inglaterra La Pampa. El tercer título de Liga Nacional se hizo posible en la temporada 2006/07. Boca, conducido por Gabriel Picatto -desde la segunda fase-, sorprendió y superó a Ben Hur de Rafaela (3-2) en cuartos de final, Libertad de Sunchales (3-2) en semifinales y Peñarol de Mar del Plata (4-2) en la serie decisiva.
